Hauptgrund ist, vermute ich einfach mal, wirklich: Die meisten Spieler mögen sowas nicht. Dunno, muss ja irgendeinen Grund haben, dass das aus sehr vielen Genres verschwunden ist, wo es früher mal der Standard war. Survival Horror, JRPGs, man, selbst Adventures haben ja den neuen Trend, in dem die Rätsel auf ein Minimum reduziert werden (Telltale die größten Vertreter hier). Gut, bei Adventures gibts aber zumindest noch eine (Indie?) Gegenbewegung, die das Genre wieder aus der Versenkung hochgeholt hat die letzten Jahre.
Und wie oben schon gesagt, manche Spiele lagern diese Sachen auch einfach auf optionale Inhalte aus, damit man ja die Spieler, die das nicht sehen wollen, nicht vor den Kopf stößt. Klingt immer sehr positiv ("so kann jeder Spaß daran haben!"), aber ich finde, Spieleserien verlieren enorm etwas, wenn ihre früheren Hallmarks auf einmal nur noch optional sind.
Ich glaube wirklich, dass die meisten Leute Rätsel und Minispiele nur als nervige Nebentätigkeit sehen, um wieder zu dem zu kommen, was sie wollen (ballern, kämpfen, whatever). Ohne dabei zu bemerken, dass ein Spiel, welches NUR aus Kämpfen besteht, halt auch auf Dauer langweilig wird. Man braucht halt die ruhigen Zeiten und auch Abwechslung, damit andere Elemente mehr strahlen können.