Das ist noch nichteinmal das schlimmste. Du kannst die übrigen Tiles nichtmehr auf verschiedenen Layern verteilen.
Zum Beispiel sind alle Tiles von Tileset A entweder auf Layer 1 oder Layer 2, abhängig von der Position innerhalb der Bilddatei.
Alle Tiles der Tilesets C, D und E sind immer auf dem selben Layer und können nicht übereinander platziert werden, egal was du tust.

Außerdem funktioniert das Copy & Paste anders. Wenn du mit Rechtsklick etwas kopieren möchtest, dann kopierst du immer alle Layer auf dem Tile und natürlich fügst du dementsprechend auch immer alle Layer an einer anderen Stelle wieder ein.
Das Füll-Werkzeug füllt nur alle Tiles, welche auf allen Layern die selben Tile-Daten haben. Du kannst also nicht einfach einmal den Boden im Lower-Layer ändern ohne damit sofort auch die übrigen Layer zu löschen.

Es gibt noch eine ganze Reihe von anderen kleinen Seltsamkeiten. Ich kann auf jedenfall mit Fug und Recht behaupten, dass der Editor der absolute Grauen ist.