Ich denke es spielt keine allzugroße Rolle, mit welchem Maker du beginnst. Der grobe Aufbau und Bedienung des selbigen unterscheiden sich nur in Details von der jeweils anderen Version. Vor allem der RPG Maker 2000/2003 gleichen sich fast aufs Haar. Die Maker ab XP aufwärts können aber sowohl Skript- als auch grafiktechnisch um einiges mehr, bedienen sich dabei auch einer eigenen Programmiersprache sowieso der "klassischen" Bedienung, was generell eine größere Auswahl an Mechaniken für dein Projekt bieten könnte.
Von allen Makern kann man mindestens eine 30 Tage Testversion finden, wenn du also Zeit und Lust hast, schnapp dir einen und exerzier ihn intensiv und von allen Seiten durch. Dann wirst du schon merken welcher dir besser taugt.