Weil das zu aufwendig ist. Nintendo will da auch was dran verdienen. Wenn sie aber erst mal einen Losschicken müssen, der das NES-Platinenlayout von Grund auf neu gestaltet (und auch neu entwickelt, weil die alten Chips nicht mehr produziert werden), dann würde die Konsole keine 60 US$ kosten, sondern ca. das dreifache (wenn man damit auskommt ...).
Sicher? Die Virtual Console auf der WiiU ist auch nur ein Emulator für unterschiedliche Systeme. Es würde mich nicht wundern, wenn auch Libretro im Hintergrund läuft und Nintendo nur eine GUI drumherum gebaut hat. Mehr ist RetroArch auch nicht: Eine GUI für Libretro und Libretro ist wiederrum eine API für Emulatoren und es gibt für fast alle Systeme ein Emulator, der Libretro unterstützt und in der Virtual Console werden unterschiedliche Systeme emuliert. Darunter z.B. TurboGrafx, NeoGeo oder auch der MegaDrive.