Ich glaube Du hast etwas missverstanden.
Bis zum Ende von MGS2 WAR Ocelot teilweise von Liquids Arm besessen, zumindest wird es auf eine ähnliche Weise angedeutet, wie in Teil 3, dass Ocelot der Sohn von The Boss und The Sorrow ist.
Nach dem Big Shell Zwischenfall, hat sich Ocelot von Liquids Arm getrennt und erst dann mit der Psychothearpie und Manipulation der Nanomaschinen angefangen.
Achte mal im Endkampf auf Ocelots rechten Arm...es ist ein vollkommen cybernetischer Arm
Geschickt, dass man ihn das ganze Spiel zuvor nicht einmal sieht (also den Arm

)
Somit wird die Theorie von The Sorrows Erbe in Ocelot nicht komplett zerstört.
Es gibt also drei verschiedene Ocelots in der Zeitspanne von MGS2-MGS4:
MGS2: Ocelot der teilweise von Liquids Geist kontrolliert wird
MGS2 und MGS4: Liquids Doppelgänger in Ocelot, bedingt durch Psychotherapie und Nano Manipulation.
Und dann eben noch das letzte kleine Stück vom originalen Ocelot (diese Shyzophrenie wird im Endkampf sehr gut dargestellt, achte mal auf die Rückblenden während der verschiedenen Kampfphasen, bzw. die Energieanzeigen der Kontrahenten und die Betitelungen dieser

).