Als "Vielflieger" nach Bremen sag ich dazu: Solange du eine Vorteilskarte hast und du dir die Zeit nehmen willst, nimm ruhig den Zug. Ich persönlich fliege lieber (keine Vorteilskarte), es geht schneller, auch wenn die Flugzeiten etwas bitter sind (um 7 Uhr herum von Schwechat aus), aber hey, du fliegst eine Stunde nach Hannover, steigst in die S-Bahn zum Hbf um (geht nur eine Linie, die 5 nach Hameln, glaube ich), wartest eine Stunde am Hannoverer Hauptbahnhof (finde ich persönlich recht hübsch), und dann dauert der Intercity nach Bremen nur noch eineinhalb Stunden. Insgesamte Reisezeit von 2.5 Stunden (+ 2 Stunden Extrazeit für Anbindungen oder Wartezeit). Ich kann keine 8 Stunden im Zug sitzen, da krieg ich Probleme mitm Steißbein *g*
Linz hat den Vorteil, dass es eine bequeme Anbindung der deutschen Bahnen gibt, das ist schon gut. Nur der Umstieg in (meistens) Nürnberg kann schon mal zur Qual werden, wenns Verspätungen gibt (ist einmal passiert), aber da ist das Personal schnell zur Hand, die verlängern dann die Gültigkeit deines Tickets... wenn du reserviert hast.

Die Kosten kommen eigentlich ungefähr auf das Gleiche hinaus, ist am Ende also eine Geschmacksfrage.