Die Nutzungsbedingungen auf der aktuellen Präsenz von Refmap haben keine Einschränkungen bezüglich der Tools oder kommerziellen Nutzung. Selbiges scheint auch der Fall auf der alten archivierten Seite zu sein. Auf letzteren gibt es aber den genannten Hinweis auf das Verbot der Nutzung mit den illegalen Maker Varianten.
Strikt gesehen würden die neuen Bedingung nur auf genau die Dateien zutreffen, welche auch auf der neuen Seite verfügbar sind. Ob das jetzt weniger sind, habe ich nicht nachgeprüft.

Ob das Nutzen eine illegalen Makerversion überprüfbar ist sei mal dahingestellt. Die Patch EULA erlaubt ja das Nutzen von älteren Patches, welche damit auch ältere RPG_RT Versionen voraussetzen. Die Runtimes an sich sind auch Teil der frei verteilbaren Dateien eines Projekts und zumindest die Übersetzungen und Fixes an denen sind rückwirkend legalisiert worden. Ich sehe das als unproblematisch an.