Wenn es möglichst einfach sein soll: 2000/2003. Übersichtliche Menge an Funktionen; kein "richtiges" programmieren; geringere Auflösung (d.h. mit weniger Aufwand zu erstellende Grafiken).
Wenn es ums Programmieren geht: XP. Durch Ruby ist "richtiges" (naja, in gewissen Maßen) Programmieren möglich, und man hat insgesamt mehr Optionen. Nachteil ist dadurch, dass der Maker dadurch etwas komplexer zu bedienen ist (theoretisch kann man den Ruby-Teil auch komplett ignorieren, aber dann geht natürlich der größte Vorteil des XP verloren). Die Auflösung ist höher, ergo bedeutet das Erstellen mehr Aufwand (bestimmt kommt gleich einer aus den Büschen gesprungen und ruft "hochskalieren"). Da in Schulen üblicherweise keine High-End-Rechner stehen, ist vielleicht auch zu bedenken, dass der XP (innerhalb der RPG-Maker-Reihe) ein ziemlicher Performance-Fresser ist.
Zumindest vom XP kannst du dir ja die kostenlose Trial-Version herunterladen, um ihn mal anzuschauen .