Im XP kannst du jedes Tile aus deinem Tileset auf jedem Z-Layer platzieren. Du kannst auch jederzeit ein Tile von einem Z-Layer durch ein anderes ersetzen.
Im VX und Ace kannst du nur ganz bestimmte Tiles auf bestimmten Z-Layern platzieren. Wenn du ein Tile auf verschiedenen Z-Layern platzieren willst dann musst du das Tile mehrmals in deinem Tileset haben und zwar an den richtigen Stellen, damit der Maker dir erlaubt es auf verschiedenen Z-Layern zu platzieren.
Außerdem werden alle Tiles auf der gleichen (x, y) Koordinate auf höheren Z-Layern gelöscht wenn du ein Tile in einen niedrigeren Z-Layer packst. Wenn du also deinen Erdboden mit Grasbüscheln in Steinboden mit Grasbüscheln umwandeln willst, also den Erdboden auf Z-Layer 0 durch Steinboden ersetzen möchtest aber die Grasbüschel auf Z-Layer 1 beibehalten willst, dann kannst du das im Ace nicht. Die Grasbüschel werden gelöscht und du musst sie per Hand neu platzieren (sofern du dir gemerkt hast wo sie lagen).
Warum es so gemacht wurde? Ich fürchte das werden wir nie erfahren...