Allgemein würde ich sagen, dass alle diese Punkte von dem Spiel selbst abhängen. Je nachdem was der Schwerpunkt ist, ist es sinnvoll oder auch nicht solche Systeme einzuführen.

Unabhängig davon würde ich aber sagen:

Variabler Schwierigkeitsgrad:
Gerne. Nicht zwangsweise auf die altomodische Art und Weise (also einstellbar) sondern auch sehr gerne als verschiedene "Wege" im Spiel welche manchmal zu mehr und manchmal weniger gefährlichen Begegnungen führen. Vielleicht auch mit unterschiedlicher Beute.
Oder auch unterschiedliche Spielenden anhand dessen wie gut man abschneidet. Das ist dann implizit ein variabler Schwierigkeitsgrad.

Tagebuch:
Kann niemals schaden. Wer es benutzen will hat die Möglichkeit dazu. Wen es nicht interessiert kann es ignorieren.
Wenn das Tagebuch nützliche Informationen offenbahrt oder das Spiel direkt einfacher macht kann es sofort als Beispiel für einen variablen Schwierigkeitsgrad genommen werden falls das Tagebuch deaktiviert werden kann.

Schnellreise:
Ganz allgemein bin ich kein Freund von Spielen in welchen man ununterbrochen unnötig lange Wege zurücklegen muss. Anstatt eine Schnellreisefunktion sollte man lieber versuchen die Wege alle so kurz wie möglich zu machen damit eine Schnellreisefunktion garnicht erst nötig wird.
Für das Endgame ist soetwas allerdings wieder interessanter. Wenn der Spieler, aus Nostalgie oder Lust am Spiel, im Nachhinein alte Orte wieder erleben möchte.