Das sind sehr interessante Fragen, die du hier stellst.
Also ich gehe mal die einzelnen Punkte durch und stelle mal meine Sicht der Dinge dar.

Dungeons
Tja, die Dungeons. Wie MG schon sagt, sind sie oft nur vom Spieler zu knacken. Vielleicht liegt es daran, dass die Helden die ersten sind, die dort reingehen. (Was natürlich unwahrscheinlich ist, wenn sich der Dungeon mitten in der Stadt befindet.) Nur ist es ja in vielen Spielen so gewesen. SoM ToP ToS FF und der klassischste Dungeoncrawler Zelda.
Entweder besteht die Welt aus einem Haufen Idioten, oder aber wir sind überdurchschnittlich intelligent für diese Rästel usw. Wenn man einen "durchklopp Dungeon" hat und schon einige Level auf dem Kerbholz hat, dann macht es durchaus Sinn, dass NUR DIE HELDEN diesen Dungeon schaffen. Sie sind, doof gesagt, die stärksten.

Ich denke, dass Dungeons einfach als Element gesehen werden müssen und man so gewisse ungereimtheiten, wie diese, hinnehmen muss. Genau so widersprüchlich ist doch die Frage...wieso werden die Schlüssel, die man in Dungeons braucht, IN den Dungeons versteckt...damit der "Erbauer" sie selbst wiederfindet?

Siedlungen
Klaro...die sind dafür da um den Spieler neu zu regenerieren (was in einem Monsterverseuchten Gebiet ja schwer machbar sein sollte) und natürlich im die Handlung voranschreiten zu lassen und den Spieler in ggf. kleine Sidestories zu verstricken. (Sidequests lasse ich mal aussen vor... übrigens, ich könnte den Sockenquest als kleinen Witz in Force einbauen xD Mit freundlicher Empfehlung an TrueMG den Meister der Sidequests )
Sowas gehört einfach dazu... gut, Städte wurden erbaut...und vielleicht waren Monster vorher da...oder nicht. Das liegt halt in der Story des Spiels. Das kann man pauschal, so denke ich, gar nicht beantworten.
Weiterhin sollte hier der Erkundungstrieb des Spielers geweckt werden, der wie wild alle Schränke anlabert in der Hoffnung ein Secret zu bekommen. (Was ich hier übrigens nicht als "räubernen Helden" interpretieren würde, sondern einfach als Gameplay Element, dass es eben Secrets gibt.) Womit wir beim nächsten Punkt sind:

Bewohner und Objekte
Informationen sollten schon eine gewisse Tiefe haben, sofern es sich lohnt. Wenn mir jemand erzählt "Ich habe gehört, dass man Flaschen nicht mit dem Kopf nach unten öffnen soll." Dann frage ich mich als erstes: "Wer kommt auf so eine Idee?" aber weniger: "Wer hat ihm das gesagt."
Du hast Recht, wenn du es komisch findest, dass ein NPC einem fremden erzählt, was er für Sorgen hat. Dies hat z.B. Sorata wunderbar gelöst in Charon 2. Sai kann aufgrund seines Rangs solche Dinge erfragen bzw. sie werden dem armen Kerl förmlich aufgedrückt. Irgendwo muss man mal einige Infos herkriegen. Im schlimmsten Fall, kann man sagen,dass ein NPC eine Information in einem Buch gelesen hat und sich fragt, was die Helden davon halten, während der Rest des Dorfes ihn für verrückt hält. (So könnte auch ein Sidequest entstehen)

Items die man in der Stadt findet nehme ich als Gameplay hin und das wars für mich. Das mögen andere anders sehen und wieder andere sehen es wie ich. Da gehen halt Meinungen auseinander, denke ich.

Helden Freunde Limits
Jeder Char in der Gruppe sollte sich einmalig geben. Ich nehme als Beispiel mal meine UoC2 Truppe. Allan ist der Hilfsbereite. Der im Notfall noch alten Leuten den Hintern abwischen würde. Außerdem lässt er sich gerne auf jeden Spaß ein (besonders mit Alex). Zuzüglich hat Allan fast panische Angst vor Schlangen. Alex ist der großkotzige. Er hasst alte Menschen und hält nichts von Autorität. So duzt er, dummdreist wie er ist, sogar König Genas. Helen wiederum ist diejenige, die sich für Alex' Fehler entschuldigt und sich gerne fremdschämt. Dafür jedoch kann sie die beiden Herren der Gruppe oft beruhigen und auf den Teppich zurück holen.

NPCs vergeben wirklich oft Sidequests und es kommt rüber, als könnten nur die einen Helden in den Wald gehen um einen Pilz zu pflücken. Gut, wenn man dies mit einigen Monstern erklärt und sagt, dass im Dorf keine Kämpfer sind und in diesem Wald einige Dämonen rumrennen....naja, dann kann man es verstehen. Es kommt dann immer auf die Gründe an, weshalb nur die Helden das schaffen können. Meist erzählen NPCs ihr Leid und der Held bietet seine Hilfe an...oder auch nicht.

Natur: Monster und sonst kein Leben
Stimmt...ein Fehler, den ich in der Vergangenheit selbst oft gemacht habe. Oftmals existierten die Dörfer unabhängig voneinander und jedes Dorf war für sich zuständig und hatte auch alles. Das schleicht sich leider recht schnell ein... Ich möchte mich nicht davon freisprechen, dass es nicht an der einen oder anderen Ecke nochmal passiert. Ich denke, dass kann niemand, da wir alle Fehler machen.
Es ist schwer eine "lebendige" Welt zu bauen. Vielleicht machen es deswegen viele nicht so, wie es sein sollte. Oder man hat diese Denkweise noch nicht, wie du sie hier z.B. zu Tage bringst. Also, ich denke da helfen nur viele Tests und Leute, die auf sowas achten und den Entwicklern in diesem Punkt vllt etwas unter die Arme greifen, anstatt diese Spiele dann direkt zu zerfetzen.

Gebiete... oftmals leer und nur voller Kisten und Monster. Stimmt. Haben viele Spiele. In gewissen Mengen, finde ich das auch OK. Sagen wir mal:
Ein Spiel hat 100 Gebiete. Dann fänd ich es ok...wenn 10-20 ETWA nur Durchlaufgebiete sind, welche man leerräumen kann und abhaken kann. Irgendwie finde ich, dass es da rein gehört. Sehen andere vielleicht anders, gut.

Ich würde noch gerne einen Punkt aufgreifen:
Truhen
Die Teile stehen überall. Am Fluss. Im Wald. Auf Bergen. In Höhlen. In der Hölle. Im Himmel. In deinem Haus. NEBEN DIR ! O.O
Wer hat sie dahin gestellt? Wieso stehen Truhen im Wald rum?
Sollte man dies ebenfalls "erklären" oder soll man lieber dieses Detail ebenfalls als Gameplay hinnehmen. Man muss es ja mal so sehen, dass dort auch fast alle Rollenspiele dieser Welt das nicht erklären.
Was denkt ihr?

Ich hoffe, das war OK so Wünsche viel Spaß beim weiterschreiben.
LG
MajinSonic