Es stimmt schon, dass zumindest in JRPGs man selten das Gefühl hat die Welt würde auch unabhängig von den Aktionen der Helden existieren. Inwiefern das ein Problem darstellt muss jeder für sich selber entscheiden.

Natürlich sollte die Lebendigkeit der Welt nicht auf Kosten des Gameplays entstehen, aber ich denke es ist durchaus möglich die Welt lebendiger erscheinen zu lassen ohne das Gameplay dabei zu verändern.

Kisten im Wald
Der Klassiker. Einfachste Methode hier ein wenig mehr "Realismus" hereinzubringen ist einfach die Kistengraphik durch eine andere Graphik zu ersetzen. Irgend etwas was in den jeweiligen Dungeon passt. Einige Erzklumpen in einer Mine, die einiges an Geld wert sind, Büsche im Wald oder aufgeworfene Erdhügel wo jemand etwas vergraben hat. Es gibt einige Spiele die nicht überall die klassische Kiste stehen haben. Solange man mit seinen Graphiken konsistent ist und dem Spieler früh beibringt was ein Item beinhalten kann und was nicht, ist das ganze kein Problem.
Inwiefern man auch die eigentlichen Items an den Dungeon realistisch anpassen will muss jeder selber wissen. Denkbar dass das ohne Probleme geht, allerdings ist es auch denkbar dass das Auswirkungen auf das Balancing oder den Spielspaß hat. (Denn Herausforderung und Belohnung müssen im Einklang stehen und das Verändern der gefunden Items verändert die Belohnung für Erkundungen)

Dungeons
Warum ist der Held der einzige, der sich durch die Monsterverseuchten Gebiete metzelt? Vermutlich weil er es aus Story-Gründen muss. Dungeons sind aus Gameplay-Sicht nichts weiter als Gegenden in denen der Spieler Monstern/Gegnern begegnet. Nirgendwo steht geschrieben, dass jedes Gebiet ausserhalb einer Stadt gleich ein Dungeon sein muss. Jemand der ein wenig mehr Lebendigkeit und Realismus in seine Welt bringen will muss sich einfach ein paar mehr Gedanken darüber machen welche Gebiete tatsächlich zu Dungeons werden und welche nicht. Unerforschte Höhlen gibt es in einer Fantasywelt mit Sicherheit, ebenso vielleicht verlassene Minen, die wieder von der Fauna in Besitz genommen wurden.
Und Straßenräuber oder feindliche Soldaten gehören in einer solchen Welt vermutlich auch dazu. Im Mittelalter ist nicht zwangsweise schon jedes Fleckchen Erde von der Menschheit erforscht und in Besitz genommen worden, insofern gibt es genug Platz für Tiere Monster und Co. Die einfachen Leute werden auch mit ihrer alltäglichen Arbeit genug zu tun haben anstatt irgendwelche gefährlichen Gegenden zu erkunden.

Otto-Normal Bewohner wird niemals auf die Idee kommen diese gefährlichen Gebiete zu besuchen, der Held wird allerdings aus Storyrelevanten Gründen dazu gezwungen.

Siedlungen
Erfolgt analog zur Dungeonauswahl oben. Es ist kein Problem gesicherte Routen zwischen Dörfern und Städten zu haben nachdem wir im vorherigen Abschnitt entschieden wo welche Monster leben. Insofern braucht auch nicht jedes kleine Dorf eine eigene Schutztruppe. Und größere Handelskarawanen werden halt von Söldnern bewacht, schon alleine aufgrund der Straßenräuber.

Bewohner und herumliegende Objekte
In einer Fantasywelt gibt es üblicherweise kein Fernsehn oder Radio. Was tut man also abends um sich zu unterhalten? Man erzählt sich Geschichten. Und aus eigener Erfahrung weiß man natürlich dass insbesondere Geschichten mit Gefahr gut ankommen. Kein Wunder also, dass die besonders gefährlichen Gegenden häufig Bestandteil der Geschichten sind. Da Otto-Normal Bewohner vermutlich nicht lesen&schreiben kann werden die Geschichten mündlich weitergegeben und so am Leben erhalten. Also gut möglich, dass die Geschichte über den gefährlichen Bergpass schon Jahrhunderte alt ist, aber einen wahren Kern beinhaltet.
Insofern kein Problem kleine Informationshäppchen über diesen Dungeon einzustreuen. Übertreiben sollte man es damit natürlich nicht, sonst kommt es einem so vor, als würden Dungeon-Experten in dem kleinen Minendorf wohnen.

Held, Freunde und Sidequests
Gute Dialoge schreiben ist schwer. Was vielen Spielen fehlt ist in der Tat kleiner unbedeutender Dialog zwischen den Party-Mitgliedern, dessen einzige Aufgabe es ist die Charaktere etwas menschlicher darzustellen. Vielerorts ist das Problem dabei einfach, dass ein Dialog den Spielfluss unterbrechen würde, was man nur selten machen möchte und in Story-Cutscenes ist in der Regel kein Platz für solche "Belanglosigkeiten".
Für den ACE gibt es allerdings mittlerweile ein Script, das es erlaubt Text anzuzeigen ohne den Spielfluss zu unterbrechen. Damit ist es problemlos möglich Party-Dialoge zu implementieren ohne das der Spieler die Kontrolle verliert. Etwas ähnliches ist für den XP sicherlich auch möglich (vielleicht gibt es sowas schon).

Ansonsten muss man halt in den Cutscenes etwas mehr in seine Dialoge investieren um die Charaktere menschlich zu gestalten - schwierig aber nicht unmöglich.

Was die Sidequests angeht, sie sind Gameplay Bestandteil also kann es nicht das Ziel sein, sie einfach zu entfernen. Damit die Bewohner aber tatsächlich nicht als unselbstständiges faules Pack erscheinen muss man halt nur solche Art von Quests geben, die tatsächlich jemanden wie den Helden erfordern. Entweder eine längere Reise in ein entferntes Dorf (Was der Bauer ja nicht mal so eben machen kann) oder es erfordert kämpferische Fähigkeiten, die über die einfachen eines Bauern/Schmiedes hinausgehen.

Was den NPC der eine Quest erfüllt angeht. Im Thread wird überall so getan als würde dieser NPC dem Spieler eine Quest wegnehmen, interessanterweise habe ich das überhaupt nicht so verstanden. Das Ziel ist es doch die Welt lebendiger erscheinen zu lassen, zu zeigen dass die Welt sich nicht nur um die Heldenparty dreht sondern auch alleine funktioniert. Und hier reicht es doch durch NPC-Dialoge klar zu machen, dass es noch andere Leute gibt die Aufträge erfüllen ohne dass diese Aufträge auch dem Spieler angeboten wurden. Vielleicht trifft man diesen Quester zufällig im Wald oder im Pub wo er sein Honorar versäuft. Oder in der Abenteurgilde wo er sein Honorar abholt.

Monster und sonst kein Leben?
Das spielt wieder auf das Problem der Dungeonauswahl an. Wie gesagt halte ich es für unproblematisch ein Spiel so zugestalten, dass die Handelswege frei von gefährlichen Monstern sind. Weltkarten abstrahieren wie bereits schon gesagt wurde vom eigentlichen Reisetempo und selbst dort ist es möglich Encounter-freie Gebiete einzurichten. (Etwas was ich auch aus gameplay-sicht für empfehlenswert halte) Allerdings bin ich weder ein großer Freund von Weltkarten noch von Zufallsbegegnungen.

Fazit:
Es ist problemlos möglich seine Welt lebendiger zu gestalten ohne das Gameplay dafür zu opfern. Dafür ist noch nicht einmal großer Mehraufwand erforderlich, man muss sich nur von Anfang an ein wenig mehr Gedanken darüber machen. Zentral ist hier insbesondere die Frage welche Gebiete im Spiel zu Dungeons werden und welche Art von Gegnern man dort antrifft. (Straßenräuber auf einer Handelsstraße sind durchaus denkbar)