Dungeons
Sehr gute Ideen und Anregungen hast du da.

Ich handhabe das aber noch etwas anders.
Viele Dungeons in Charon 2 gelten (aus hintergrundtechnischen Gründen) als verfluchte Orte, weil dort reichlich untotes und unangenehmes Gesocks herumkriecht. Ergo trauen sich viele Bewohner nicht nur durch eigene Negativ-Erfahrungen dort nicht hin, sondern weil es gesellschaftlich verpöhnt ist. An anderen Stellen könnte das Betreten von Dungeons/Tempeln auch als Sakrileg gelten.
Allerdings sollte das Räuber etc. nicht von dummen (Einbruch-)Aktionen abhalten.
Interessant finde ich ja auch "natürliche Dungeons". Also Höhlen im besten Fall, die mit Rätseln und Hindernissen aufwarten, die sich einfach so ergeben (Steine usw. so positionieren und schieben, dass man über Abgründe kommt z.B.).

Siedlungen und Bewohner
Da gebe ich dir auch absolut Recht.
Deswegen hat bei mir jeder Ort eine ordentliche Verteidigungstruppe (aus angeheuerten Söldnern oder ausgebildeten Soldaten), die zumindest mit den gängigen Standardmonstern zurecht kommen sollten. Allerdings halte ich es für utopisch, Handelsrouten permanent sichern zu können. Da reicht aber vermutlich einfach ein Begleitschutz bei Händler-Karawanen usw. ^^

Bewohner und herumliegende Objekte

Stimmt schon.
Das wird aber wohl auch mit dem Ort der Schätze zusammenhängen, ob da schon jemand nach suchen wollte.
Wald- und Wiesen-Kisten könnte man auch mit einer Mimic-Verschwörung erklären, der stets Abenteurer zum Opfer fallen sollen. :P
Man sollte auf jedenfall solche Sachen weniger random platzieren und bei wichtigen Objekten (die vielleicht eh mit einer Quest verbunden sind), teilweise auch mehr Seitenhandlung angedeihen lassen und sei es nur ein Argument der Trunkenbolde in der örtlichen Spelunke.

Held, Freunde, Limits

Das ist ein wirklich interessanter und sinniger Ansatz deinerseits.
Das meiste davon kann man ja einfach mit Questbedingungen kombinieren: "Diese Quest kannst du nur machen, wenn dieser Held in der Party ist" etc.

Natur: Monster und sonst kein Leben

Auch da nichts einzuwenden, denke ich.

Im großen und ganzen finde ich deine Ideen sehr anregend, allerdings muss man dabei auch den Umfang des Spiels in Betracht ziehen.
Sagen wir, ich verpasse jetzt absolut jedem Event und jeder Quest einen solch tiefgreifenden Realismus, artet das zum einen zu einer massiven Arbeit aus, zum anderen würde das auf Dauer sicher repetitiv.
Es sollte also nicht in jedem Dungeon eine Räuberbande hocken, nicht bei jeder Quest und jedem Objekt sich die örtlichen starken Männer mit dem Helden balgen und man auch man auch nicht ständig Karawanen aus Händlern Soldaten etc. begegnen und mit ihnen interagieren müssen.
Ich bin zumindest jemand, der gerne mit der eigentlichen Handlung vorankommt und nicht erst zigtausend Stunden optionales mit umfangreichen Sozialleben der NPCs verbringt.
Aber gezielt eingesetzt, können solche Elemente doch für schöne Abwechslung sorgen, denke ich.

MfG Sorata