Mit Gimp ließen sich auch gute Animationen machen (das Programm ist allgemein ein Multitalent).
Das Animieren habe ich mit *diesem Tutorial* gelernt (dafür sollte man aber der englishen Sprache mächtig sein), andernfalls kann dir google ein paar Tuts dafür ausspucken. :3
Was das Nachziehen betrifft würde ich vorschlagen, dass du den Hintergrund nicht transparent machst, sondern eine Farbe wie z.B. grün darauf klatschst. Was besseres fiele mir momentan nicht ein, hab aber auch allgemein noch nicht viel zum animieren gebracht oo"