Vielleicht gibts nen Trick, den ich nicht kenne (oder an den ich mich nicht erinnere), aber prinzipiell muss man doch in der Lichtwelt die 3 Dungeons in einer Reihenfolge machen (für Wüstenpalast braucht man das Buch, wofür man die Pegasusstierel braucht, die man nach dem ersten Palast bekommt; für Heras Turm braucht man die Handschuhe aus dem Wüstenpalast).
In der Schattenwelt hast du Recht, das ist nichtlinear, impliziert aber durch die Nummerierung der Kristalle zumindest ne Reihenfolge (an die man sich aber nicht halten muss). Prinzipiell strukturiert das Spiel die erste Hälfte eher linear und die zweite dann offen. Halte ich schon für ne starke Einschränkung im Vergleich zum ersten Zelda, was einen einfach nur in die Welt wirft.