Besonders Metadaten könnte OSX ja direkt in den erweiterten Dateiattributen im Dateisystem speichern, statt in einer separaten versteckten Datei. Wenn man einen Ordner zippt, hat man die versteckte Datei (obwohl man die gar nicht braucht/will) mit drin.
Beim Programmieren und arbeiten mit der Konsole stören die Dateien einfach und auf externen Datenträgern hat Spotlight einfach nichts zu suchen. Angeblich soll es funktionieren wenn man Spotlight sagt, dass es /Volumes und/oder /Volumes/[USB_STICK] nicht indexieren soll, tja aber irgendwie funktioniert das nicht. Spotlight komplett aus zu schalten ist auch keine Option. Ich hoffe dass man das mit El Capitan besser konfigurieren kann oder sich der Autor von asepsis erbarmt auch die .fseventsd, .Spotlight-V100 zentral irgendwo hin zu speichern.
PS: Die englische Wikipedia meint das Finder daran schuld wäre .DS_Store-Dateien zu erstellen. Es soll zwar Metadaten in den erweiterten Dateiattributen im Dateisystem gespeichert werden, aber Finder soll diese nicht unterstützen.