Ich wiederhole: Du weißt nicht mit welchen Hintergrundgedanken dieses System entwickelt wurde.
Warum soll es nicht durchdacht sein, wenn man auf das eine verzichten muss, um im anderen Bereich effektiver zu sein? Wie gesagt, das Spiel zwingt dich nicht die stärksten Zauber zu koppeln. Du machst es nur weil du es willst, und weil es für dich am Effektivsten scheint.
In FF9 muss man auch auf sämtliche Schätze verzichten, da man uner enormen Zeitdruck steht, wenn man die stärkste waffe will: Exkalibur 2. Da man dann eine Vielzahl an Ausrüstungsteilen nicht besitzt, kann man auch nicht alle Skills erlernen. Das Beispiel ist zwar weit hergegriffen, da es sich um 2 unterschiedliche Dinge handelt ( Ausrüstung / Charakteraufbau ), kommt aber am Ende auf das Selbe raus.
Es ist auch in anderen FF's öfter vorgekommen, dass man durch den Verzicht bestimmter Dinge, etwas anderes effektiver nutzen kann. FF8 war eben das einzigste FF bei dem das im Charakteraufbausystem passiert ist - deswegen ist es nicht undurchdacht. Ich gehe mal davon aus, dass die Entwickler wollten, dass man sich diesbezüglich entscheidet.