So, wie du es beschreibst, erkenne ich keinen wirklichen Vorteil des Systems.
Nehmen wir als Beispiel mal an, dass ein Charakter, der unter einem Schildzauber steht, zusätzlich erhöhte Heilung bekommt. Da kann ich mir jetzt vier Fälle vorstellen:
1. Beide Zauber sind auch für sich genommen nützlich: Man setzt sowieso beide ein, der Synergieeffekt wird zwar positiv aufgenommen, aber ist eher Nebensache.
2. Einer der beiden Zauber ist für sich genommen sinnvoll, der andere nicht (etwa Schildzauber erhöht Verteidigung nur minimal oder Heilung fällt normalerweise zu gering aus): Im Grunde benutzt du nur einen der Zauber, den anderen hast du nur wegen des Bonus (im Beispiel: Schildzauber, um den Heilzauber zu verstärken). Das würde bedeuten, dass du eigentlich nur einen der beiden Zauber einsetzt, nur dass du dafür mehr Befehle geben musst.
3. Keiner der beiden Zauber für sich sinnvoll, allerdings zusammen effektiv (childzauber erhöht Verteidigung nur minimal und Heilung fällt normalerweise zu gering aus): Noch extremer als die Variante davor. Du hast einen einzelnen Zauber in zwei aufgespalten, ohne dadurch etwas zu gewinnen.
4. Keiner der beiden Zauber für sich sinnvoll und zusammen auch nicht: Zurück ans Reißbrett.
Bei keiner der Varianten erkenne ich jetzt einen klaren Vorteil durch das Synergiesystem. Entweder ist es ein netter aber letztlich irrelvanter Bonus, oder die Skills sind so verzahnt, dass man keine andere Wahl hat, als exakt die Kombination einzusetzen, was es letztendlich einfach nur den Einsatz umständlicher macht, ohne einen klaren Vorteil zu gewähren.