Ich benutzt noch irgendwie beide, bzw. habe in jedem davon ein Spiel laufen.

Der VX Ace hat natürlich mittlerweile um einiges mehr an Ressourcen als der MV. Grafiken sind zwar ähnlich, haben aber ne andere Auflösung (also gerade Tilesets), weshalb die nicht einfach so übernommen werden können.
Ansonsten benutzt der VX Ace Ruby für seine Scripte, während Javascript beim MV zum Einsatz kommt.
Mit dem MV kannst du Spiele auch direkt im Browser Spielen und mit etwas externer Hilfe auf Smartphones und Tablets zum laufen bringen (frag mich nicht wie, ich weiß nur, dass es geht xD).

Ansonsten sind die Maker nicht sooo unterschiedlich von den Funktionen. Da der MV neuer ist würde ich prinzipiell zu dem raten, aber mit dem VX Ace machst du eigentlich auch nix verkehrt.