Ja genau. Der Trainer bekommt auch eine Art Level-Up System (durch Kämpfe, Sidequests, etc.) mit denen er sich dann Skills erlernen kann. Manche Jobs sind auch optional (d.h. in Stadt XY gibt es eine Züchterei, der einen den Beruf des Züchters und seine Grundlagen vorstellt, danach taucht der Beruf im Skill-Tree auf. In einem kleinen Dörfchen sitzt ein alter Züchter hinter seinem Haus halb versteckt, und der zeigt einem dann eine Besonderheit des Züchtens, die dann dem Skill-Pool hinzugefügt wird und erlernt werden kann). Oder eine Diebesgilde zeigt einem - nachdem man deren Respekt gewonnen hat - wie man andere Trainer außerhalb von Kämpfen beklaut oder Türen aufbricht.

Von den Varianten wäre mein Kompromiss bisher eher die 3.
Meine Überlegungen dazu: Ich als Spieler komme irgendwann an den Punkt, wo ich mich für eine der unumkehrbaren Spezialisierungen entscheiden muss (und somit gegen andere). Egal ob es sich dabei um einen ganzen Zweig handelt, den man wählen muss oder man von allen nur eine bestimmte Menge nehmen muss, irgendwann wird man die Grundskills alle haben und spätestens dann erscheint es logisch sich zu entscheiden.
Es gibt 2 Möglichkeiten, wie das Spiel damit umgehen kann.
1. Der Spieler wird im Unklaren gelassen, dass er nur bestimmt viele Spezialisierungen haben kann.
-> Problem: Irgendwann kommt man dahinter und dann ärgert man sich eventuell nicht die Richtigen gewählt hat.
2. Der Spieler wird über die Spezialisierungen aufgeklärt.
-> Problem: Der Spieler kann sich nicht entscheiden und schiebt es auf (ähnlich wie bei besonders starken und seltenen Items, etwa dem Komplettes-Team-ist-wieder-voll-da Item, das es nur 2 Mal im gesamten Spiel gibt, die man ewig aufbewahrt und am Ende des Spieles befinden sie sich immer noch im Inventar. So werden prinzipiell mächtige Hilfsmittel völlig nutzlos). Oder er entscheidet sich und hat immer im Hinterkopf die Frage, ob er sich wirklich richtig entschieden hat. Oder er ärgert sich irgendwann darüber, weil er Sammler ist, sein Beutel mit seltenen Items (die er eh nie benutzt) überquellt, er aber gerne stärkere Wesen züchten möchte, sich aber schon für eine andere Spezialisierungen entschieden hat.

Daher war 3. mein Favorit, da so sowohl Individualität auftreten wird, aber man bei Fehlentscheidungen immer noch die Möglichkeit hat sich in die gewünschte Richtung weiterzuentwickeln.
Skills wieder umsortieren zu lassen wollten wir nicht. Zum einen wäre es unlogisch plötzlich den alten Beruf zu vergessen und einen neuen zu können, aber auch spielerisch finden wir es so besser bei unserem System.

Aber das ist nur meine Spielweise und wie ich mich wahrscheinlich verhalten würde. Daher die Fragerunde hier, um ein möglichst weites Spektrum an Meinungen zu erhalten.
Immerhin soll das Spiel möglichst vielen Leuten Spaß machen