Ich würde eine Kombination von "Im Vorbeigehen" und "extra suchen" bevorzugen. Das wird ja auch von vielen Spielen so gehandhabt. Utensilien um die meisten und einfachen Gegenstände herzustellen hat man oft genug (etwa für den normalen Trank oder einfache Waffen) und wenn man irgendwelche speziellen Sachen haben will (Alles-Heilen-Trank, Waffe mit besonderen Eigenschaften), dann muss man sich extra Mühe geben.

Für diese "extra Mühe" wäre aber ein entsprechendes Umfeld wünschenswert. Also nicht einfach "Gehe in Wald XY, besiege einen schwarzen Tannenbaum und du hast den schwarzen Zapfen.", sondern dass es extra Orte gibt, der schwarze Wald einen Bereich hat, in den man nicht sofort rein kommt, sondern erst, wenn man einen gewissen Stand erreicht hat, eine spezielle Sidequest gelöst hat oder in der Gilde ABC einen gewissen Rang erreicht hat. Oder der Bereich hat einen hohen Schwierigkeitsgrad, so dass die Spieler später nochmal wieder kommen müssen, wenn sie stärker geworden sind. Und der schwarze Tannenbaum soll kein einfacher Gegner sein, sondern es soll ne Geschichte dazu geben. Oder im Bereich findet man eine Hütte mit weiteren Hintergrundinformationen über die Welt (muss jetzt auch kein spielerischer Vorteil sein, um das zu wissen, aber für viele Spieler sind solche extra-Infos über die Welt immer etwas positives und sie freuen sich, dass sie wissen, warum der Wald XY heißt oder woher der schwarze Tannebaum ausgewandert ist).
Das Sammeln von benötigten Utensilien für das Crafting solle also selber eine Art Abenteuer sein.
Es ist dann zwar rein von der Handlung her vielleicht immer doch das selbe, aber durch die Story und die Mission dahinter oder einfach durch das Gefühl dem Armen Pärchen im Dorf geholfen zu haben ihre Tochter vom schwarzen Tannenbaum gerettet zu haben lockert alles auf und lässt es in einem neuen Licht erscheinen.