Es ist mMn schon ein guter Schritt in die richtige Richtung, wenn es zwar gute Ausrüstung zu kaufen oder finden gibt, aber man eben bessere craften kann.
Beispielsweise Ein Schwert, das in einem Dungeon droppt, könnte via Crafting aufgewertet werden. Allgemein bestehende Ausrüstung könnte mittels Crafting in mehreren Stufen verbessert werden.
Eine andere Alternative währe, dass man sich Waffen aus Materialien craften kann, die halt einfach etwas stärker sind oder spezielle Eigenschaften haben, die diese attraktiv machen.
Wenn Heiltränke brauen nicht lohnt, weil sie im Laden zu billig sind, macht man sie eben im Laden teurer oder man kann halt spezielle Tränke brauen, die nicht kaufbar sind.
Die Gegner sind zu schwach, als dass Bufftränke sinn machen? Mach die Gegner stärker.
Sinnvoll finde ich den Ansatz, dass man Materialien zum wirken von Magie braucht.

Bei allem muss man natürlich mittels Balancing darauf achten, dass Crafting zwar sinnvoll ist aber man nicht dazu gezwungen wird, zu craften, weil man sonst überhaupt nicht weiter kommt.