Zu den Wolken:

Theoretisch könnte das möglichwerweise funktionieren, wenn du Tastenabfrage und X/Y-Position des Spielers dauernd abfragst und in der Picture-Bewegung dagegen steuerst. Hat noch keiner gemacht, weil doof. (Mit den 8-bit-Makern übrigens kein Problem.)
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bzw. wäre das bei mir dann anders als bei allen anderen Spielen
Erwischt! Ich empfehle dir, dich auf die Kern-Elemente deines Spieles zu konzentrieren und "Gimmicks" die "möglicherweise" noch kein anderer vor dir gemacht hat, erst mal außen vor zu lassen. Niemand wird deine Geschichte spielen, weil die Wolken auf der World Map so toll waren.
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Da habe ich aber das Problem, dass ich mir nur eine Wolkenform aussuchen kann.
Deswegen habe ich noch einen zweiten Link beigefügt, für ein Plugin, das noch nicht fertig ist - Woratana hat den VX (ohne Ace) ein sehr gutes Script erstellt, bei dem es darum ging, mehrere "fogs" unabhänging voneinander agieren zu lassen. Warte einfach ab. Der Mann war früher für den VX das, was Yanfly heute für den MV ist.

Zur Karteneinblendung:
Das mit der World-Map ist simpel: Du brauchst nur zwei Pictures: Das eine zeigt eine verkleinerte Darstellung deiner Welkarte, das andere ist nur ein Punkt bzw. ein anderes grafisches Symbol, das dir gefällt.
Auf der Weltkarte fragst du einfach die X/Y Koordinaten der Spielfigur ab. Nebenher läuft ein Parallel Process, der diese Daten dauernd umrechnet - in die Position des Punktes, die über der Grafik der Weltkarte angezeigt werden. Wenn deine Weltkarte in einzelne Maps unterteilt ist, kannst du natürlich auch die ID der Maps abfragen, und den "Punkt" dementsprechend positionieren.
Was die Sonderfunktionen angeht: Eine zoomende und scrollende Übersichtskarte habe ich beim RPG Maker noch nicht gesehen - wahrscheinlich, weil es die Möglichkeit voraussetzen würde, mit Maskierungen zu arbeiten.