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Es ist ja so, dass sich die ersten beiden Jahre der dreijährigen Ausbildung zum Fachinformatiker, egal welche Fachrichtung, kaum unterscheiden und quasi erst im dritten Lehrjahr es erst richtig fachbezogen zur Sache geht (zumindest haben das unsere Berufsschullehrer gesagt).
Die beiden Ausbildungen unterscheiden sich im dritten Jahr minimalst. Bei uns (bin AE) war es so, dass die AEs in der Woche zwei Stunden Softwareentwicklung hatten, während die SIs tiefer in die Betriebssysteme eintauchten. Der Rest des Lehrstoffs war das Selbe (BaWü). Meiner Meinung nach kann man in der Ausbildung auf das, was man in der Berufsschule lernt, eh pfeifen.

Wichtiger ist es, was du im Betrieb gelernt hast. Wenn du da hauptsächlich als Programmierer gearbeitet hast, dann hebst du das in einem Stellengesuch eben besonders hervor und bewirbst dich als ausgebildeter FISI mit Kompetenzschwerpunkt AE. Das ganze im Bewerbungsschreiben dann noch etwas erläutern und deine Ausbildung sollte da kein Hindernis darstellen.

Als kniffliger sehe ich eher das angestrebte, mittelmäßige, Zeugnis an. Da solltest du auf jeden Fall schauen, dass du zumindest alle programmierorientierten Fächer als Ausgleich auf ne 1 bekommst und auch im AE ähnlichen Teil der Abschlussprüfung dies als Ergebnis anpeilst (ja, richtig gelesen, in unserer Abschlussprüfung mussten die SIs tatsächlich programmieren, während die AEs ein ERM pinseln durften). Der AE Stoff in der Berufsschule entbehrt wirklich jeglichem Anspruch, von daher sollte das machbar sein. Aber auch auf außerschulisches Engagement wird heute viel Wert gelegt. Wenn du da was vorzuweisen hast, umso besser, damit kannst du viele Defizite ausgleichen.

Generell kommt es auch stark auf die Firmen an, was diese suchen. Die einen wollen eher einen Praktiker, während die anderen einen „Organisator“ suchen. AEs sind im Praktiker Bereich (aka Programmieräffchen^^) öfter anzutreffen, in letzterem findet man mehr studierte Informatiker.
Mein Rat, bleib auf Kurs und versuchs einfach durchzuziehen.