Der kleine Schnipsel hier ist so bearbeitet, dass ein Switch aktiviert wird (eingestellt auf 10, kannst du ändern,
sind insgesamt 3 Stellen), wenn eine Message fertig ist und macht diesen aus, wenn geschlossen.
Code: 
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# ■ Window_Message
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# 　文章表示に使うメッセージウィンドウです。
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class Window_Message < Window_Base
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  # ● 入力待ち処理
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  def input_pause
    $game_switches[10] = true
    self.pause = true
    wait(10)
    Fiber.yield until Input.trigger?(:B) || Input.trigger?(:C)
    Input.update
    self.pause = false
  end
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  # ● ファイバーの更新
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  def update_fiber
    if @fiber
      @fiber.resume
    elsif $game_message.busy? && !$game_message.scroll_mode
      @fiber = Fiber.new { fiber_main }
      @fiber.resume
      $game_switches[10] = false
    else
      $game_message.visible = false
    end
  end
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  # ● ウィンドウを閉じ、完全に閉じるまで待つ
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  def close_and_wait
    close
    $game_switches[10] = false
    Fiber.yield until all_close?
  end
end