Das Pictureanzahllimit im Maker ist nur dann ein Problem, wenn du mehr als 20 (im RM2k) oder 50 (im RM2k Value! und dem RM2k3) gleichzeitig anzeigen willst.
Die Anzahl der imortierten Pictures sollte grundsätzlich kein Problem sein, solange du das vom Filesystem vorgegebene Dateianzahllimit pro Verzeichnis nicht erreichst. Weiss jetzt auch nicht auswendig wie hoch das ist. 10'000 sollten es aber mindestens sein.

Was die Animationen per Pictures betrifft, gibt es eine gute Alternative, um die Anzahl an Bilddateien gering zu halten.
Du erstellst ein Bild, das so breit ist wie die das breiteste Framebild der Animation und so hoch wie alle Frames zusammen plus 240 x (Anzahl Frames -1).
Die Idee ist, dass du dann alle Framebilder der Animation da reinpackst und zwischen jedem Framebild soviel Pixel Abstand lässt, dass ein Framebild und der Abstand zusammen 240 ergeben.
Dieses Riesenbild ist dann zwar zu gross, um es zu importieren, aber du kannst es einfach in den Pictureordner reinkopieren. Du musst lediglich sicherstellen, dass die Hintergrundfarbe sich an erster Stelle der Farbpalette des Bildes befindet.
Um die Animation dann abzuspielen brauchst du das Riesenbild, nachden es einmal angezeigt wurde (mit Frame Nummer 1 im Bild), lediglich um 240 Pixel nach oben oder unten per "Move Picture"-Befehl zu verschieben.
Dieses Verfahren hat noch einen zusätzlichen Performancevorteil, da das Picture nicht neu geladen, sondern lediglich verschoben werden muss, was wesentlich weniger Rechenleistung verschlingt.


EDIT:
Die Animationen per Charsets zu lösen finde ich persönlich am angenehmsten. Ist meiner Meinung nach auch einfacher zu handhaben im Maker.