Keine Ahnung wie das in InDesign läuft, aber Adobe Acrobat (nicht reader) hat einige funktionen zum komprimieren von PDFs. Und aufgrund von apples Produktpolitik werden diese Funktionen vermutlich auch nur dort zu finden sein.
Alternativ: Die Bilder bereits vorher mit irgendwas sinvoll komprimieren (jpeg, höchstens6 60-70% Qualität, sollte schon ordentlich klein sein...)