Naja, in der Zwischenzeit funktioniert NTFS-3g eigentlich recht brauchbar. Dementsprechend würde ich das gegenüber Fat32 vorziehen, weil man eben doch öfter mal Dateien mit mehr als 4 GB hat. Das ist auf jeden Fall zuverlässiger, als mit ext3- oder HFS+-Treibern auf Windows rumzubasteln.
Letztendlich stellt sich aber eben die Frage, was du mit der Platte machen willst.