Die elektromagnetische Strahlung der Mikrowelle regt Wassermoleküle zu Schwingungen an. Dies ist gleichbedeutend mit einem Temperaturanstieg.
Da alle Wassermoleküle des zu erwärmenden Objektes gleichzeit zu Schwingungen angeregt werden ist es naheliegend, dass die äußeren Regionen dieses Objektes nicht so stark erwärmt werden, da sie durch ihre äußere Lage einer Abkühlung ausgesetzt sind. Vorallem, da in der Mikrowelle selbst im Vergleich zum Ofen keine höhere Temperatur herrscht.
Im Ofen o.ä. hingegen erreicht die Wärme zuerst die äußeren Regionen, weshalb das Innere erst später warm wird.
Das wäre ein Erklärungsversuch, den ich mir gerade so aus den Finger gesogen hab. Obs stimmt: Keine Ahnung. :E