Es kann auch ein IRQ Konflikt vorliegen.
ASUS Boards sind dafür bestens bekannt ^^
Wenn du das BIOS auf Standardeinstellung zurückstellst und dann immernoch nur PCI 3 funktioniert, also, wenn selbst der POST die Karten auf PCI 1 und PCI 2 nicht erkennt.
Das der obere PCI Slot evtl. nicht funktioniert, kann mit der Grafikkarte zusammenhängen, die die IRQs vom APG und PCI Slot geshared werden.
d.h.:
AGP und PCI 1 teilen sich 1 IRQ
PCI 2 und PCI 3 teilen sich 1 IRQ.
Es gibt auch durchaus Karten, die kein IRQ Sharing unterstützen.
z.B. Creative Soundkarten zicken desöfteren rum, wenn sie den IRQ mit einer anderen Karte sharen müssen. Ältere Creative Karten verweigern komplett ihren Dienst.