@Dhan:
Es ist ein netter Komfort, mehr nicht.
Beim Pixeln von Posen lassen sich so beispielsweise Standposen sehr schnell verändern indem man Arme, Beine, Torso und Kopf jeweils auf eine Ebene macht.
Beim Pixeln von Chipsets ist es ebenfalls wesentlich angenehmer, beispielsweise bei Bäumen oder Mauern. Der Stamm auf die eien Ebene, die Krone auf die andere. Die Mauer selbst auf die eine Ebene, Fußleiste und Abschluss auf die nächste. Nötig ist es nicht, es erleichtert aber vieles.
Außerdem kann man so auch viel freier den ganzen Wust hin- und herschieben kann. Dafür bräuchte man sonst entweder Geduld oder ein Programm wie Farkwings Graphicsmaker.

@Kelven:
Jop, sowas meinte ich unter anderem.
Die von dir angesprochenen Funktionen sind auch soweit ich weiß mittlerweile Standartfunktionen bei den meisten Grafikprogrammen, Paint.Net zum Beispiel.