Du musst die Farbtiefe auf 256 Farben ändern. Das geht super mit:
http://irfanview.tuwien.ac.at/
Befehl:
Image-Decrease Color Depth
Beim Importieren wähltst du dann die Farbe die du Transparent haben willst drauf und dann blinkt sie in der Vorschau. Die Farbe die blinkt ist dann deine Transparente Farbe wie bei Charsets, Chipests usw. Wenn du die nicht haben willst solltest du sie dann wegeditieren in Idraw.
Mit Photoshop geht das sicher auch, aber fragt mich nicht wie. Ich bin auch nicht draufgekommen wie man das ändert.