Vermutlich ist der Registrierungseintrag des RTP noch vorhanden, weswegen das System denkt es wäre noch installiert.

Gehe in den Registrierungseditor (Start->Ausführen->"regedit") und suche unter HKEY_LOCAL_MACHINE->SOFTWARE nach einem Eintrag von Enterbrain. Bei mir hat dieser zwei Unterpunkte, einmal RPGXP und einmal RGSS. Letzteres ist das RTP. Der Sicherheit halber würde ich aber den kompletten Enterbrain-Schlüssel löschen.

Danach sollte eine Neuinstallation funktionieren.