Versuch's mal mit folgenden Einstellungen:
Bild->Modus->Indizierte Farben
Lokal, selektiv auf 256 Farben.
Palette bestimmst du eine eigene, daraufhin sollte eine leere Palette erscheinen.
Dort klickst du aufs erste Feld oben links und suchst dir die Farbe aus die später transparent sein soll. Ok, dann noch bei Basis und Dither auf "ohne" gehen und den Haken bei Transparenz wegmachen, normal "speichern unter" als png, das war's.