Ich kann nur soviel sagen, das der Fehler bei mir in der US Version bei zweimaligem Spielen nicht aufgetreten ist.
Ich weiss nicht, wie es mit der PAL ist...

Allerdings erinnert mich deine Beschreibung an ein Problem mit KHII PAL, da hatte ich das gleiche Problem jedoch konnte das im Nachhinein auf die PS2 zurückgeführt werden - zu unterschiedlichen Zeitabständen ( meistens eher beim Wechseln in den nächsten Abschnitt ) blieb das Game einfach stehen und die Musik lief aber fröhlich weiter.
Auf meiner eigenen PS2 hingegen lief es vollkommen normal ohne Probleme.