Diesen Bug hatte ich praktisch ständig. Da fehlt dann nicht nur das Gebäude, sondern die Weltkarte hat dann an der Stelle ein Loch. Speichern und wieder Laden oder einen Ort betreten und wieder verlassen behebt den Fehler in 100% aller Fälle. Falls du kein "Loch" in der Weltkarte hast, dann hast du auch den Bug nicht. In dem Fall musst du Sicher stellen, dass die Location, an die du dich begeben willst, von einem NPC in einem Gespräch erwähnt wird und du dann an der richtigen Stelle danach suchst (war, glaub ich, die Quadrat-Taste). Wenn nicht beide Vorraussetzungen erfüllt wurden taucht auch die Location nicht auf der Karte auf. Vermutlich also kein Bug, sondern du hast "nur" etwas übersehen. Denk dran, im Gegensatz zum "alten" Wild Arms tauchen die Locations nicht unbedingt automatisch auf der Weltkarte auf.