Hast du schon richtig erkannt. Die Story wird durch die Cosmosphere nicht verändert. Allein nur durch die Entscheidung Cloche/Luca Ende Phase 1, geht sie für die nächste Phase etwas andere Wege. Nur die Endings sind von der Cosmosphere abhängig und das kann man bis zum Ende rauszögern. (Hab ich ebenfalls gemacht um alle Endings-1 in einem Durchlauf zu bekommen.
Die Entscheidung Cloche/Luca hat auch keine Relevanz fürs Ende. Man wird nur dahingehend eingeschränkt, dass eine Cosmosphere von den beiden endgültig gelockt wird und nicht als Ende erspielt werden kann.