Thread? Du meinst sicher die Downloadseite. Das die nochmal kommt ist ja normal, nur müsste sich dazu noch ein weiters Fenster öffnen, welches den Download anwählt.
Soweit ich weiß lässt sich Firefox von anderen Programmen in seiner Pop-up Wirkung nicht beeinflussen, jedoch solltest du Adblocker wie z.B. Ad-Aware oder Norton mal deaktivieren.
Wenn du es wirklich wie oben probiert hast, sollte es klappen.