Genau das passierte bei mir auch. Ich habe es jedoch wieder hinbekommen:

1. Neues Projekt erstellen das genausoviel Maps hat wie dein jetziges.
2. Speichern und die RPG_RT.lmt aus dem neuen Projekt einfach in dein altes reinkopieren und die vorhandene (defekte) überschreiben.
3. Nun kannst du dein Projekt wieder öffnen. Du musst nur noch die Maps umbennen und sortieren und evtl. auf Einstellungen überprüfen.

Zumindest ist das Projekt erstmal gerettet. Hinweis: Vor dem Versuch Backups machen.