Man sollte allgemein relativ häufig einen Backup seiner RPG_RT.lmt machen. Dass Fehler durch (ob unterlassenes oder auch durchgeführtes) Importieren entstehen, liegt daran dass diese Datei öfter überschrieben wird, als es tatsächlich nötig ist (beim Importieren etwa, auch wenn die Datei, zumindest in der Regel, den selben Inhalt behält).
AFAIK ist die Bedeutung ihres Verlustes allerdings relativ gering für das Überleben deines Projektes (es ist nur mühsam, sie zu rekonstruieren).

Ich würde (sofern es keinen Backup gibt) in einem neuen Projekt die Grundstruktur des Map Tree rekonstruieren und schließlich die Map- und Datenbank-Dateien des alten Projekts in das neue Verzeichnis kopieren. Die Einstellungen der Maps, also welche ChipSets, Panoramas etc. sie benutzen, müssen danach ebenfalls noch wiederhergestellt werden. Dafür müsste das Projekt im großen und ganzen wieder laufen können.