Das dieses Feld, was du als B bezeichnet hast, nutzlos ist, dachte ich auch mal...
aber schau mal folgendes an:
Ich mache ein einfaches Chipset (jaja, ich hatte kein Bock für was ordentliches) mit Wiese, Erde und dunkler Erde:

B ist, wie man sieht, bei dunkler Erde frei.
dann impotier ichs und fang an, zu mappen. Erst alles voll Wiese und dann etwas Erde drüber... und nun will ich dunkle Erde machen aber was passiert? Folgendes:

Jetzt könnte ich natürlich hergehen und einfach mit Shift um die sdunkle Erde helle Erde pinseln. Mach ich aber net, geht einfacher!
ich gehe wieder ins Set und kopiere das Feld A der normalen Erde und mache es ins Feld B der dunklen Erde:

und mappe damit das Ganze nochmal auf die gleiche Art:

Wunderbar!

Übrigens, an dieser Stelle führt der Maker anscheinend tatsächlich einen Pixelgenauen vergleich durch, ich hab mal im Feld B einen Pixel geändert und.. schon hattet netmehr geklappt