Ich hab zwar den MV nicht, aber der Hauptgrund, der für mich für den MZ spricht, ist die frei einstellbare Kachelgröße. Man kann zwischen 48x48, 32x32, 24x24 und 16x16 wählen. Das heißt, man hat den Vorteil, dass man für den Retrolook der alten Maker die Assets nicht mehr manuell hochskalieren muss.
Das, zusammen mit der frei einstellbaren Auflösung/Fenstergröße (hatte der MV glaube ich auch schon), macht den MZ für mich zum "besseren" Maker.

Naja, ansonsten ist wohl, wie Ben erwähnt hat, das Mapping angenehmer und der MZ soll auch technisch besser perfomen.
Mittlerweile würde ich auch sagen, gibt es auch mehr als genug Plugins für den MZ. Das war anfangs noch so ein Argument für den MV.

Für die meisten Leute, die den MV schon haben und gewöhnt sind, gilt aber wohl der MZ nicht als unbedingt nötiges Upgrade.