Ja klar wird das Spiel verändert, man kann ja nicht einfach OoT nochmal als ein anderes Spiel verkaufen xD
Aber das was an den Spielen geändert wird sind die Sidequests, Charas (bis auf Link und Zelda), Gegner usw. aber an der Story selbst ändert sich fast nie etwas.

Nintendo sollte mal sowas wie die Oracle-Series für den NGC rausbringen und nicht immer nur auf dem GB(C). Denn in den GB(C)-Spielen ist die Story anders (siehe 'Links Awakening' - Link wurde auf eine Insel geströmt und muss wieder runter, geht aber nur durch aufwecken des Windfisches, weil Link nur ein Traum ist).