Atelier Shallie (PS3/Vita) spielt sich von den neueren Spielen am besten und hat mir - an den anderen Spielen der Reihe gemessen - viel Spaß gemacht. Wenn ich du wäre, würde ich definitiv damit anfangen.
Atelier Ayesha und Escha (die Vorgänger) sind auch recht gut, verzichten aber noch nicht auf das Zeitlimit, das es in den älteren Spielen i.d.R. gab (ich selbst mochte es nicht besonders, da es einen sehr einschränkt in dem, was man macht). Davor gab es noch eine "Trilogie", in der aber vieles noch recht billig wirkte, wenn man vom guten Charakterdesign absieht. Die älteren Spiele habe ich nicht gespielt.

Die Handlung aller Ateliers ist sehr seicht und der Fokus liegt eher auf Alchemie und - in manchen Spielen (Shallie hat z.B. ein gutes Kampfsystem) - auf den Kämpfen. Lass am besten die Finger von den drei neueren Teilen, denn die machen alles schlechter als die Spiele davor.