Nein, die Festplatten sind nicht verbunden, außer du nutzt RAID 0 (aka Striping).

Wenn Windows streikt und die Festplatte nicht formatieren will, dann nimm eine Linux-Live-Distri, wo gparted mit dabei ist und erstelle auf der HDD eine neue Partitionstabelle im GPT-Format.
Danach kannst du entweder unter Windows oder gleich in gparted eine neue Partition erstellen.