Zum Beispiel zuerst eine Maske anlegen die besagt wo überall diese Farbe vorkommt, dann auf 255 Farben quantisieren, dann die 256. Farbe (#0) explizit für die Transparenz nutzen (anhand der Maske die Pixel auf die #0 Farbe setzen und ihr als Paletteneintrag den originalen Farbcode geben).

Vielleicht geht das aber auch einfacher, hängt von deiner Library ab...