Doch, die transparente Farbe wird in der jeweiligen Datei gespeichert. Transparent ist immer der Farbeintrag an Palettenindex 0. Beim Importieren tauscht der Maker lediglich die Einträge entsprechend aus.
Ein paar Bilder zur Verdeutlichung:
Testbild und dazugehörige Palette:
Beim Importieren habe ich dann das Gelb oben rechts als Transparenzfarbe gesetzt und der Maker hat die Palette ensprechend umgeändert (und auf 256 Einträge erweitert):
Edit: Verdammt Corti, nachdem ich so viele schöne Bilder gemacht habe D: