Die Information, welche Farbe transparent ist, wird leider nicht im Dateiformat gespeichert, sondern wird erst im Resource Manager des Makers festgelegt. D.h. hast du im Maker festgelegt, dass beispielsweise die dritte Farbe der Palette transparent ist, lässt sich diese Information nicht in der Datei selbst bearbeiten. Beim Quantisieren (also Reduzieren der Farben auf 256) kann es außerdem dazu kommen, dass Farben vermischt werden, d.h., auch wenn man direkt eine transparenten Farbe, z.B. #FF00FF, angeben könnte, könnte diese nach dem Quantisierungsprozess nicht mehr vorhanden sein, weil sie mit einer anderen vermischt und z.B. zu #FF10FF wurde. ;(
Wofür genau brauchst du das denn? Eventuell lässt sich ja eine Lösung finden, ich möchte aber nichts versprechen.