Was mehr oder weniger Arbeit bedeutet kann man, denke ich, nicht beantworten.
Wenn man sich auf die Grundfunktionalität des Makers beschränkt ist die Art von Spielen, welche man erstellen kann, sehr begrenzt. Wenn man sich innerhalb dieser Grenzen bewegen will ist der Maker wahrscheinlich einfacher. Immerhin ist er bereits dafür ausgelegt.
Sobald man aber ein klein wenig von der Norm abweichen wird, wird es wohl sehr schnell einfacher eine "professionellere" Engine zu verwenden.
Außerdem: Jede 3D Engine bietet auch 2D Grafikmöglichkeiten.
Immerhin haben auch 3D Spiele ein 2D overlay und/oder HUD.
Das ist nicht viel anders als Sprites anzuzeigen. Außerdem gibt es soetwas wie 2D-Grafik für eine Grafikkarte garnicht mehr. Dort wird alles nurnoch mit der gleichen Technik wie für 3D realisiert. Es wird halt einfach nur "flach" gezeichnet.