Das erste Update für Fallout 4 ist raus und was haben die Spiele-Entwickler von Bethesda neben kleinen Fehlerkorrekturen gemacht? Der Launcher deaktiviert beim Start alle Mod-Esp-Dateien.

Die Lösung:
Einfach die Dateien loadorder.txt und plugins.txt in %LOCALAPPDATA%\Fallout4 schreibgeschützt machen und schon werden die nicht mehr beim Starten des Launchers geändert - man muss nur vor dem Ändern der Mods den Schreibschutz kurz entfernen.
Alternativ kann man auch den Fallout 4 Script Extender f4se als Launcher nutzen, der aber in einem sehr frühen Entwicklungsstadium ist.